Ci sono molte teorie sull'origine del nome “Gomera”. La più accreditate sostiene che era collegato alle popolazioni provenienti dalla regione del Xauen nel nord del Marocco.
I primi abitanti comunicavano tra loro in una forma originale, utilizzando fischi che grazie all'eco raggiungevano tutti i punti dell'isola. Questo linguaggio è chiamato il “Silbo Gomero”.
Gli spagnoli, dopo aver tentato molte volte di conquistare l'isola, si introdussero nella seconda metà del XV secolo, grazie all'azione del cattolicesimo che aveva reso più miti gli abitanti.
Dopo un prima periodo di convivenza pacifica nel rispetto delle tradizioni e dell'autonomia degli abitanti, divenne governatore Hernan Peraza. Il suo governo, crudele e brutale originò una rivolta che fu soffocata nel sangue di centianaia di abitanti dell'isola.
Colombo soggiorò nell'isola per alcuni periodi, ed e da qui che è partito per la scoperta del nuovo mondo.
Dopo i viaggi di Colombo, gli scambi commerciali con l'America crebbero e questo favorì la crescita economica di San Sebastian. La città prima era chiamata Villa di Las Palmas, fu fondata in un luogo che i guanci chiamavano Hipalan. Un tempo era uno dei migliori porti delle Canarie per la posizione protetta dalla baia.
La crescita della ricchezza spinse pirati francesi, inglesi e portoghesi a tentare più volte di saccheggiare l'isola ma questi furono sempre respinti. Nel XIX secolo l'economia conobbe un buon periodo grazie al commercio della cocciniglia che però non durò a lungo per la concorrenza delle tinture sintetiche.
